Poiché influenzato dalle caratteristiche geografiche, il clima del Madagascar è molto variabile.
Di norma, il Madagascar ha due stagioni: una molto calda e piovosa da novembre ad aprile, ed una più fresca e secca da maggio ad ottobre.
La costa orientale è la zona più umida dell’isola; è qui che si trova la foresta pluviale. Quest’area è periodicamente soggetta a devastanti tempeste e cicloni tropicali.
La zona degli altipiani centrali è considerevolmente più fresca e secca; è qui che si concentra gran parte delle coltivazioni del Madagascar, specialmente quelle di riso.
Sulla costa occidentale si trovano foreste secche di caducifoglie e baobab. Le piante a foglie caduche perdono tutte le foglie durante la stagione secca, che dura 6-8 mesi. Quando tornano le piogge, queste foreste esplodono in un mare di foglie di un verde intenso.
Il sud-ovest del Madagascar presenta il clima più secco dell’isola. Alcune zone di questa regione possono essere considerate desertiche poiché le precipitazioni sono molto scarse.